基因数据处理18之基因序列生成工具wgsim安装和使用
发布时间：2021-05-30 01:16:02 所属栏目：大数据 来源：网络整理
导读：1.下载： https://github.com/lh3/wgsim 可以git或者zip 2.安装： gcc -g -O2 -Wall -o wgsim wgsim.c -lz -lm 3.数据下载：可以使用bwakit下载： https://github.com/lh3/bwa/tree/master/bwakit 下载： bwa.kit/run-gen-ref hs38DH 4.使用方法和默认配置：
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/wgsim/hs38DH$ ll -h total 22M drwxrwxr-x 4 hadoop hadoop 4.0K 4月 15 15:48 ./ drwxrwxr-x 7 hadoop hadoop 4.0K 4月 11 17:10 ../ -rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 8.0M 4月 11 17:08 hs38DH.fa -rw-r--r-- 1 hadoop hadoop 477K 4月 11 17:08 hs38DH.fa.alt -rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 15 4月 11 17:10 hs38DH.fa.amb -rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 365K 4月 11 17:10 hs38DH.fa.ann -rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 7.6M 4月 11 17:10 hs38DH.fa.bwt -rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 1.9M 4月 11 17:10 hs38DH.fa.pac -rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 3.8M 4月 11 17:10 hs38DH.fa.sa drwxrwxr-x 2 hadoop hadoop 4.0K 4月 15 16:23 PE/ drwxrwxr-x 2 hadoop hadoop 4.0K 4月 15 15:48 SE/ （2）转变成adam hadoop@Master:~/cloud$ adam-submit fasta2adam /xubo/adam/hs38DH/hs38DH.fa /xubo/adam/hs38DH/adam/hs38DH.adam Using ADAM_MAIN=org.bdgenomics.adam.cli.ADAMMain Using SPARK_SUBMIT=/home/hadoop/cloud/spark-1.5.2//bin/spark-submit SLF4J: Failed to load class "org.slf4j.impl.StaticLoggerBinder". SLF4J: Defaulting to no-operation (NOP) logger implementation SLF4J: See http://www.slf4j.org/codes.html#StaticLoggerBinder for further details. （编辑：晋中站长网） 【声明】本站内容均来自网络，其相关言论仅代表作者个人观点，不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利，请及时与联系站长删除相关内容! |
